Еще в начале XVI веке на левом берегу Даугавы напротив замка Крейцбург (Крустпилс), стали селиться русские люди. Основав Гольмгофскую слободу (которую по-немецки местные представители власти и картографы так и называли — Slobodde), они занимались проведением судов через опасные места на реке, торговлей, лесосплавом и, по некоторым данным, изготовлением якорей.

Слобода имела выгодное положение. В XVII веке здесь смыкались границы трёх государств: Видземе тогда принадлежала Швеции, Латгале была под властью Польши, а земли к югу от Даугавы относились к Курляндскому герцогству. Заинтересованный в развитии этого поселения, курляндский герцог Яков в 1670 году жаловал ему статус города и своё имя: по-немецки нынешний Екабпилс назывался Jakobstadt — город Якова).

В начале второй половины XVII века в городе существовало два православных храма - во имя Святого Великомученика Георгия Победоносца и Святителя Николая Чудотворца. И если первый из них на каком-то этапе перестал существовать, то второй, неоднократно перестраиваясь, сохранился до наших дней.

Храм строился из дерева. Поэтому периодически то ветшал, то горел. Очередной раз деревянная церковь Св. Николая Чудотворца сгорела в 1773 году во время пожара, а в следующем 1774 году была отстроена уже из камня. Это здание и сохранилось до наших дней. Формирование монастыря относится к 70-м годам 17 века.

Древнее предание рассказывает о том, что во время военных действий польский воин Раткевич увидел плывущую по Даугаве православную икону. Недолго думая он пронзил икону копьём и подняв над собой как трофей, повёз её дальше. Через некоторое время воин заметил, что икона истекает кровью. Пораженный увиденным Раткевич тотчас отвёз икону в якобштадтский храм св. Георгия, где сам принял православие и навсегда остался в монашеской общине.

Так легенда рассказывает о появлении в монастыре иконы Якобштадтской Божией Матери, получившей известность как чудотворная икона. Эта легенда говорит также о том, что принявший монашеский сан воин Раткевич и выстроил новый храм, освящённый во имя Святого Духа. По этому храму и монастырь в дальнейшем стали называть Свято-Духовым, рассказывает автор "Местных примечательностей" краевед и историк Олег Пухляк.

Другое предание рассказывает о том, что Раткевич лишь доставил в монастырь икону, а храм Святого Духа выстроил некий проезжий купец, оказавшийся свидетелем проводившегося а монастыре изгнание бесов. Купец был настолько впечатлён увиденным, что решил для чудотворной иконы выстроить новый храм, нареченный во имя Святого Духа с приделами в честь Богородицы и Апостолов. Здание этого храма также неоднократно перестраивалось.